2009 wurde der NAMU von der Gemeinde Muri mit der Pflege des Egger Weihers beauftragt. Diese beinhaltet unter anderem die Beobachtung von Flora und Fauna (Monitoring) und die Entfernung von invasiven Neophyten.

Seit Jahren betreut der NAMU die prosperierende Dohlenkolonie im Turm der Alten Kirche Boswil. Diese Aufgabe beinhaltet eine Brutkontrolle, welche jährlich im Mai zusammen mit Fachleuten durchgeführt wird, sowie die Reinigung der im Turm angebrachten Nisthilfen im Spätherbst durch schwindelfreie Helfer.

In einem Pilotprojekt des Kantons Aargau zur Bekämpfung invasiver Neophyten in den renaturierten Gebieten der Bünz zwischen Muri und Waltenschwil übernahm der NAMU ebenfalls eine wichtige Rolle.